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Il sequenziamento di prossima generazione chiarisce la storia naturale della infezione da virus della epatite C nei pazienti in cui il trattamento fallisce

Alti tassi di infezione a trasmissione sessuale e reinfezione da virus dell'epatite C ( HCV ) sono stati recentemente segnalati in uomini infettati da virus della immunodeficienza umana ( HIV ) che hanno rapporti sessuali con uomini e la reinfezione è stata anche descritta in consumatori monoinfetti di sostanze stupefacenti iniettabili.
La diagnosi di reinfezione si è tradizionalmente basata sul sequenziamento diretto di Sanger dei campioni pre-trattamento e post-trattamento, ma non su tecniche di sequenziamento profonde più sensibili.

Sono state studiate le dinamiche di quasispecie virali in pazienti in cui è fallita la terapia standard in una coorte di pazienti ad alto rischio con infezione da virus HIV e da virus HCV, in fase precoce, per determinare se il fallimento del trattamento sia risultato associato a reinfezione o recrudescenza di infezione preesistente.

Sono state analizzate le sequenze appaiate ( pre- e post-trattamento ).
La regione ipervariabile-1 della proteina E2 di HCV è stata amplificata mediante PCR a trascrittasi inversa nidificata ( RT-PCR ) con specifici primer, e gli stessi prodotti sono stati sequenziati usando approcci Sanger e pirosequenziamento 454.

Dei 99 pazienti con infezione da HIV e con infezione acuta da HCV trattati con 24-48 settimane di Interferone alfa pegilato e Ribavirina, 15 non sono riusciti a raggiungere una risposta virologica sostenuta ( 6 hanno recidivato, 6 hanno avuto una risposta nulla e 3 una risposta parziale ).

Utilizzando il sequenziamento diretto, 10 pazienti su 15 ( 66% ) hanno mostrato un ceppo precedentemente non-rilevato post-trattamento; in molti studi, questo viene interpretato come reinfezione.
Tuttavia, il pirosequenziamento ha rivelato che 15 pazienti su 15 ( 100% ) avevano evidenza di infezione persistente; 6 su 15 ( 40% ) avevano evidenza di una variante precedentemente non-rilevata presente nel campione dopo il trattamento, oltre a una variante che è stata rilevata al basale.
Questo potrebbe rappresentare una superinfezione o una limitazione della sensibilità del pirosequenziamento.

In conclusione, in questo gruppo ad alto rischio, l'emergere di nuovi ceppi virali dopo il fallimento del trattamento è più comunemente associato a un emergente predominio di varianti di minoranza preesistenti piuttosto che a reinfezione.
La superinfezione può verificarsi in questa coorte, ma la reinfezione è sovrastimata dal sequenziamento di Sanger. ( Xagena2015 )

Abdelrahman T et al, Hepatology 2015; 61: 88-97

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